Digimon Survive ser en helt ny grupp tonåringar, ledda av Takuma Momozuka, gå vilse på en skolcampingresa och hitta dem transporterade till en konstig ny värld av monster och fara.
När de kämpar sig hem genom en animerad värld av svåra beslut och dödliga strider, kommer spelarnas val under hela spelet att påverka utvecklingen av deras monsterallierade och det slutliga slutet. Strider i spelet utkämpas i 2D, i en mer klassisk SRPG-stil.